Уникальность этого сооружения проявляется и в том, что он был построен методом прокладки сразу с обеих сторон. Когда рабочие встретились, оказалось, что расхождение было относительно небольшое – 10 метров в горизонтальном направлении и три метра в вертикальном. Чтобы оценить этот результат, достаточно для сравнения привести подобный акведук в Иерусалиме, построенный гораздо позже – в VIII веке нашей эры. Тогда правильность работ непрерывно контролировалась с помощью вертикальных колодцев, однако тоннель всё равно получился в виде зигзага и намного длиннее, чем задумывался. Известно, что даже в ХХ веке точность прокладки тоннелей не всегда была выше, чем при сооружении Самосского водовода.
Вообще строительство тоннелей – очень сложная работа, тем более что контролировать процесс весьма трудно. Прокладывание становится ещё более трудным, если использовать упомянутый способ (рытьё с двух сторон). Удивительно, как древнейшие самосские строители добились столь высокой точности, не располагая современными инструментами и методами работы. Впрочем, кое-какие хитрости Эвпалин всё-таки использовал. Известно, что он располагал визиром – простым прибором для горизонтального измерения. Предполагают также, что архитектор мог пользоваться полномасштабным макетом будущего сооружения, находившимся на открытом месте.