Под мегалитом находится большой каменный резервуар в виде подноса, наполненный водой. Как следует из храмовых записей, этот водоем не пересыхает даже во время длительных засух.
Из-за воды под мегалитом опорная часть по центру камня — перемычка, до сих пор связывающая мегалит со скальным основанием, — не видна, и он кажется парящим в воздухе. Поэтому Иши-но-Ходен также называют Взлетевшим камнем.
Согласно доступным источникам, Иши-но-Ходен не из гранита, а из т.н. гиалокластита, образовавшегося в ходе извержения липаритовой лавы в воду примерно 70 млн. лет назад.
А его «дно» или нижняя грань Иси-но- Ходен вообще ставит в тупик — здесь нет абсолютно никаких следов обработки.